এমপিওভুক্তির জন্য বরাদ্দ চাওয়া অর্থ মন্ত্রণালয়ের সূত্র অনুযায়ী, গত ৩ ফেব্রুয়ারি শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের মাধ্যমিক ও উচ্চশিক্ষা বিভাগ থেকে নিম্ন মাধ্যমিক থেকে স্নাতকোত্তর পর্যন্ত ৭টি স্তরের ১ হাজার ৭১৯টি প্রতিষ্ঠানের জন্য মোট ৬৭০ কোটি টাকা বরাদ্দ চাওয়া হয়েছে। এর মধ্যে চলতি অর্থবছরের শেষ তিন মাসের জন্য প্রায় ১৬৭ কোটি টাকা প্রয়োজন হবে। মোট ৩ হাজার ৬১৫টি আবেদন জমা পড়ার পর যাচাই-বাছাই শেষে ১ হাজার ৭৩৬টি প্রতিষ্ঠানকে প্রাথমিকভাবে যোগ্য ঘোষণা করা হয়। এর মধ্যে নিম্ন মাধ্যমিক স্তরে ৪৭১টি, মাধ্যমিকে ৬২৩টি, উচ্চ মাধ্যমিক (স্কুল ও কলেজ) ১৩৫টি, উচ্চ মাধ্যমিক (কলেজ) ১৪৫টি, ডিগ্রি স্তরে ৭৮টি এবং স্নাতক ও স্নাতকোত্তর স্তরে ২৭৭টি প্রতিষ্ঠান রয়েছে।
বিতর্ক ও দুর্নীতির অভিযোগ এই প্রক্রিয়াটিকে 'রকেট গতিতে' সম্পন্ন করা হচ্ছে বলে অভিযোগ উঠেছে। বিশেষ করে স্নাতক (অনার্স) ও স্নাতকোত্তর পর্যায়ের ২৭৭টি প্রতিষ্ঠানের জন্য ১২৫ কোটি টাকা বরাদ্দ চাওয়ার বিষয়টি বড় আর্থিক অনিয়মের জন্ম দিয়েছে। অভিযোগ রয়েছে, শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের একজন প্রভাবশালী অতিরিক্ত সচিব, একজন উপসচিব এবং উপদেষ্টা ও সচিবের দপ্তরের দুই কর্মকর্তা অনৈতিক সুবিধা নেওয়ার চেষ্টা করছেন। এমনকি, শেষ সময়ে এমপিওভুক্তির 'বাণিজ্যের পথ প্রশস্ত' করতে নীতিমালাও সংশোধন করা হয়েছে বলে সূত্র জানিয়েছে। অযোগ্য প্রতিষ্ঠানকেও তালিকায় ঢোকানো হয়েছে এমন অভিযোগও রয়েছে।
শিক্ষক ও সংশ্লিষ্টদের বক্তব্য শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের একজন অতিরিক্ত সচিবের মতে, অর্থ মন্ত্রণালয়ের সবুজ সংকেত পেলেই চূড়ান্ত ঘোষণা আসবে, অন্যথায় অর্থ ছাড় না হলে এটি থমকে যাবে। তিনি আরও বলেন, এমপিওভুক্তির মতো আর্থিক সংশ্লিষ্টতার সিদ্ধান্ত দীর্ঘমেয়াদি পরিকল্পনা ও স্বচ্ছতার মাধ্যমে নেওয়া উচিত, সরকারের বিদায়লগ্নে এমন তড়িঘড়ি উদ্যোগ দুর্নীতিকে উৎসাহিত করতে পারে। অন্যদিকে, নন-এমপিও শিক্ষক-কর্মচারী ঐক্যজোটের সভাপতি সেলিম মিয়া জানিয়েছেন, দীর্ঘ আন্দোলনের ফলেই সরকার এমপিওভুক্তির সিদ্ধান্ত নিয়েছে এবং তারা চান সব যোগ্য প্রতিষ্ঠান এমপিওভুক্ত হোক। তবে আর্থিক লেনদেনের অভিযোগ অবশ্যই বিবেচনায় নেওয়া উচিত।
আর্থিক ব্যয় ও পূর্বের ইতিহাস সর্বশেষ ২০২৫ এমপিও নীতিমালায় প্রতিষ্ঠানভেদে বার্ষিক ব্যয়ের হিসাব থেকে জানা যায়, একটি নিম্ন মাধ্যমিক বিদ্যালয় এমপিওভুক্ত করতে বছরে প্রায় ৩৯ লাখ টাকা এবং উচ্চ মাধ্যমিক কলেজ এমপিওভুক্ত করতে বছরে প্রায় ৮৭ লাখ টাকা ব্যয় হয়। সীমিত বাজেটে এত বড় আকারে নতুন প্রতিষ্ঠান এমপিওভুক্ত করার উদ্যোগকে আর্থিকভাবে কঠিন এবং প্রশ্নবিদ্ধ বলে মনে করছেন সংশ্লিষ্টরা। এর আগে সর্বশেষ ২০২১ সালে ২ হাজার ৭০০-এর বেশি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান এমপিওভুক্ত করা হয়েছিল। কিন্তু নীতিমালার বাইরে রাজনৈতিক বিবেচনায় আরও ৭১টি প্রতিষ্ঠানকে পরে এমপিওভুক্ত করায় ব্যাপক সমালোচনার সৃষ্টি হয়েছিল।